Župnija sv. Petra in Pavla je bila ustanovljena leta 1785, ko je bil sedež župnije prenesen od sv. Ožbalta v minoritski samostan. Župnija je zajemala predvsem okolico Ptuja s slovensko govorečim prebivalstvom. Ker je bilo v mestu tedaj veliko nemško govorečega prebivalstva, se je samostanska cerkev uveljavila tudi kot pomembno bogoslužno središče slovenskih vernikov, zato je v zgodovinskem spominu ostala zapisana kot »slovenska« cerkev.

Korenine samega minoritskega samostana in cerkve pa segajo mnogo globlje, v 13. stoletje. Po zgodovinskih virih so minoriti samostan in cerkev gradili med letoma 1255 in 1280, s pomočjo ptujskih gospodov. Cerkev sv. Petra in Pavla velja za eno zgodnejših gotskih cerkva na Slovenskem. Iz zgodnjega obdobja izvira tudi znamenita gotska podoba Marije z Detetom, znana kot Ptujska Madona, ter ostanki freske sv. Frančiška Asiškega iz druge polovice 13. stoletja, ki potrjujejo starost cerkvenega prostora.

Ptuj v Stari Kaiserjevi suiti (ok. 1825-1832) - vir: www.kamra.si

V 17. stoletju je bil kompleks temeljito prenovljen. Med letoma 1677 in 1696 so samostan nadzidali, razširili in cerkev barokizirali. V tem času je nastalo tudi mogočno cerkveno pročelje, ki je postalo ena najbolj prepoznavnih podob minoritskega kompleksa na Ptuju. V naslednjih desetletjih je cerkev dobila še bogato oltarno, kiparsko in liturgično opremo, med drugim dela, povezana z baročnim kiparjem Jožefom Straubom.

Minoritski samostan ni bil le versko, ampak tudi širše kulturno središče. Skozi stoletja je oblikoval duhovno življenje mesta in okolice, danes pa njegov pomen presega zgolj župnijske okvire, saj je pomemben del kulturne dediščine Ptuja in Slovenije.

 
Notranjost minoritske cerkve, ok. 1931 - vir: www.kamra.si

Druga svetovna vojna je močno zarezala v življenje župnije in samostana. Leta 1941 so bili minoriti izgnani, med vojno pa je bil samostanski prostor drugače uporabljen. Najhujši udarec je prišel 4. januarja 1945, ko je bila minoritska cerkev v bombardiranju skoraj v celoti porušena. Ohranil se je le prezbiterij. Po vojni obnova cerkve dolgo ni bila dovoljena, zato je župnija za bogoslužje uporabljala druge prostore, med drugim baročni refektorij.

Kljub temu je župnijsko življenje vztrajalo. Ob 750-letnici samostana so leta 1989 obnovili prezbiterij nekdanje cerkve, ki je nato nekaj časa služil kot začasni bogoslužni prostor. To obdobje je pomembno pričevanje zvestobe skupnosti, ki je tudi v skromnih razmerah ohranila liturgično in občestveno življenje.

Po osamosvojitvi Slovenije so se razmere spremenile. Leta 1992 je bil sprejet sklep o rekonstrukciji minoritske cerkve. Obnova je bila zahtevna in večplastna: vključevala je selitev knjižnice, odstranitev poznejših posegov v prostor, rušitev poštnega objekta, ki je stal na mestu porušene cerkvene ladje, ter postopno rekonstrukcijo cerkve ob ohranjenem gotskem prezbiteriju.

Gradbena dela so potekala več let in pomenila enega najpomembnejših konservatorskih ter cerkvenih projektov na Ptuju. Novo pročelje je bilo blagoslovljeno leta 2010, obnovljena cerkev pa je bila slovesno posvečena 29. junija 2011, na praznik sv. Petra in Pavla. S tem je župnija po desetletjih čakanja ponovno dobila polno cerkveno podobo.

Danes je Župnija Ptuj – sv. Peter in Pavel živahno duhovno središče, kjer se prepletajo vsakdanje bogoslužje, zakramentalno življenje, romarska in praznična srečanja ter kulturni dogodki. V župniji deluje tudi podružnična cerkev sv. Roka, pomemben del njene identitete pa ostaja povezanost z minoritskim redom in samostanom.

Posebno mesto ima župnijsko žegnanje na praznik sv. Petra in Pavla, 29. junija, pa tudi praznovanje pri sv. Roku. Zgodovina župnije tako ni le pripoved o stavbah in datumih, ampak o vztrajnosti vernikov, o ohranjeni pripadnosti prostoru ter o obnovi, ki je v sodobnem času znova povezala bogato preteklost in živo sedanjost.